Extensión.
Su extensión territorial es de 8,617.49 km², lo que representa el 26.01% de la superficie de la región Selva y el 11.39% de la superficie estatal.
Orografía.
En el este del municipio predominan las zonas accidentadas, y las zonas planas se ubican en el sureste del municipio.
Clima.
El clima del municipio varía con la altitud, predominando el cálido húmedo, en la cabecera municipal la temperatura media anual es de 24.3° C con una precipitación pluvial de 1,804 milímetros anuales.
Hidrografía.
La red hidrológica es densa, y está integrada básicamente por los ríos: Usumacinta, Lacantún, Jataté, Tzendales, Perlas y Lacanjá entre otros. Por otra parte, el municipio es rico en lagos como El Miramar, Ocotal, Lacanjá, Anaite, Orizaba, Maroma, Suspiro, Ojos Azules entre otros.
Principales Ecosistemas.
Flora
En el municipio la vegetación es de selva alta, la flora del municipio está integrada por una gran variedad de especies de las cuales predominan las siguientes: paloma, coroso, roble, cedro, caoba, hormiguillo, chicozapote, hule, pino, ciprés, romerillo, sabino, manzanilla, amate, ceiba, guarumbo y jimba.
Fauna.
La fauna del municipio está compuesta por una gran variedad de especies de las que destacan las siguientes: culebra ocotera, nayuca de frío, gavilán golondrino, picamadero ocotero, ardilla voladora, jabalí, murciélago, venado de campo, zorrillo aspalda blanca, puma, dragoncito labios rojos, culebra cincuate, azulejo ocotero, coyote, boa, cocodrilo de río, cocodrilo de pantano, coral, iguana de ribera, nauyaca cornuda, nauyaca saltadora, nauyaca real, tortuga plana, tortuga cocodrilo, águila arpia, guacamayo rojo, ocofaisán, pava, pavo ocelado, tucan cuello amarillo, zopilote rey, armadillo, jaguar manatí, mapache, mico de noche, mono araña, mono saraguato, nutria, ocelote, puerco espín, tamborcillo tigrillo y venado cabrío.
Recursos Naturales.
Chiapas posee una gran variedad de recursos naturales, desafortunadamente su explotación irracional ha devastado extensas áreas de bosques y selvas, provocando la pérdida de especies de flora y fauna silvestre.
Dentro del municipio se encuentran las siguientes áreas naturales: Reserva de la Biosfera Lacan-tun, Area de Protección de Flora y Fauna Chan-kin, Monumento Natural Yaxchilán, Área de protección de Flora y Fauna Silvestre Nahá, Monumento Arqueológico Tónina, y parte de la Zona Sujeta a Conservación Ecológica Metzabok y de la Reserva Integral de la Biosfera Montes Azules.